واکسن‌های HPV که با نام "گارداسیل" و "گارداسیل ۹" شناخته می‌شوند می‌توانند از زنان و مردان در برابر ابتلا به اکثر سویه‌های شایع HPV که باعث زگیل تناسلی می‌شوند، محافظت کنند. لازم به ذکر است این واکسن‌ها از زنان در برابر سویه‌های مرتبط با سرطان دهانه‌ی رحم هم محافظت می‌کنند.

افراد می‌توانند این واکسن‌های را در سنین ۹ تا ۴۵ سالگی تزریق کنند اما بهترین زمان تزریق سنین ۱۲ تا ۲۶ سالگی و قبل از شروع فعالیت جنسی است. واکسن‌های HPV بسته به سن فرد در یک، دو یا سه نوبت تزریق می‌شوند. واکسن‌ می‌بایست زمانی تزریق شود که فرد وارد رابطه‌ی جنسی نشده است. اگر افراد در معرض ویروس HPV قرار گیرند، اثربخشی واکسن کاهش می‌یابد.

لازم به ذکر است واکسن دیگری هم وجود دارد که سرواریکس (Cervarix) نامیده می‌شود. این واکسن برای جلوگیری از سرطان دهانه‌ی رحم موثر است، اما تاثیری در جلوگیری از زگیل تناسلی ندارد.

استفاده از کاندوم یا سد دهانی هم خطر ابتلا به زگیل تناسلی را کاهش می‌دهد.